코로나 바이러스 염기 walk 그래프

워낙 코로나 바이러스로 인한 폐해가 심해서 전세계적으로 코로나 바이러스에 관한 연구도 많이 하고 있습니다.   코로나 바이러스가 어떻게  몸 안에 들어가 어떻게 자신을 복제해서 몸 밖으로 나오는지 밝혀졌습니다. 이를 바탕으로 치료제와 백신을 만들어야 하는데 시간이 필요하겠습니다.   아래 그림은  코로나 바이러스  전염에 관한 것인데 자세한 설명은  IBS 에서 볼 수 있습니다.

출처: IBS 

바이러스는 구조가 단순해서 유전 정보를 가진 DNA 혹은 RNA 와 이를 감싼 껍데기로 구분됩니다.   여기서는 바이러스의 가장 핵심이 되는 유전 정보를 그리려고 합니다.

코로나 바이러스는 한 가닥으로 된 RNA가 유전 정보를 가지고 있습니다.    A, U, G, C로 구분하는 4가지의 뉴클레오타이드(염기) 사슬입니다.    뉴클레오타이드 개수는 29,903 나 됩니다. 이   RNA 사슬은 단백질을 만들 바탕이 됩니다.    약 22,000 위치까지 ORF1a와 ORF1b 단백질 사슬을 만듭니다.   이 단백질 사슬이 쪼개지면서 전체적으로 바이러스 복제를 주도합니다.

이 단백질 사슬에 대한 RNA염기 배열은  NCBI (National Center for Biotechnology Information) 웹 사이트에서 구할 수 있습니다.   특히 위 URL는 2019년 우한에서 발생한 코로나 바이러스의 것이고 이 센터는 다른 나라에서 발병한 코로나 바이러스 정보도 가지고 있습니다.

RNA 사슬을 그림으로 표시하는 가장 간단한 방법 중에 하나는  nucleotide walk graph입니다.  RNA  사슬에서 염기를 하나씩 읽으면서 A가 나오면 x축으로 +1, T(U)가 나오면 y축으로 +1, G가 나오면 x축으로 -1, C가 나오면 y축으로 -1 씩 이동하면서 선을 이어 줍니다.  다음은 우한에서 구한 코로나 바이러스의 nucleotide walk graph입니다.

(0, 0)에서 시작해서 우상향으로 뻗어가는 이유는 염기 중에 A와T(U)가 절대적으로 많이 나오기 때문입니다.